Criado em 1976, como órgão suplementar da UFS, na gestão do Reitor Prof. José Aloísio de Campos (1976-1980), com a denominação de Museu de Antropologia. Por não dispor de sede própria funcionou através da montagem de exposições temporárias que abordavam a temática indígena, afro-brasileira e sobre a cultura sergipana, resultante das pesquisas realizadas sobretudo pela Antropóloga Beatriz Góis Dantas.

Entre 1983 e 1988 foram cedidas no Centro de Cultura e Arte – CULTART, 02 (duas) salas para a instalação da Sala de Cultura Popular, que abrigou uma exposição permanente sobre a cultura e artesanato sergipano. A sala funcionava como embrião do Museu de Antropologia (MUSA).

Em 1988, o Museu foi reaberto em salas do Centro de Ciências Biológicas e da Saúde-CCBS com a proposta do Núcleo Museológico, ampliando seu espectro de atuação e musealizando pesquisas de outros departamentos da UFS. Fase marcada pela presença da Museóloga Profª Dra. Maria Cristina de Oliveira Bruno do Museu de Arqueologia e Etnologia da Universidade de São Paulo, que ministrou cursos na área de Museologia além de ter iniciado as discussões sobre o museu.

Em 1996, na gestão do Prof. Luiz Hermínio de Aguiar Oliveira (1992-1996), foi destinada uma sede institucional e alterada a nomenclatura de Museu de Antropologia (MUSA) para Museu do Homem Sergipano (MUHSE).

Aberto ao público em novembro de 1996, sendo órgão suplementar vinculado à PROEX, ocupando um prédio histórico, representativo do ecletismo arquitetônico sergipano, o MUHSE, surgiu a partir da visão de que os espaços museais além de guardar, preservar e divulgar bens culturais, se apresentam como um dos caminhos mais profícuos para divulgação das produções acadêmicas.

O acervo do museu é constituído de peças provenientes de escavações arqueológicas, objetos e imagens adquiridos junto a segmentos da sociedade sergipana do passado e do presente. Ainda vai sendo constituído junto com as pesquisas realizadas por professores e alunos, sendo repassado à comunidade através das exposições. A base informativa da mostra de longa duração foi a obra coletiva intitulada "Textos para a História de Sergipe", de professores de História e Antropologia, acrescida de resultados de pesquisas nos campos da Arqueologia, Geografia, Economia e Agronomia. Soma-se aos espaços expositivos, um dos pavilhões laterais do conjunto arquitetônico, que é utilizado para mostras temporárias, onde são levados ao público resultados diversos de conhecimentos produzidos na UFS, ou mesmo mostras itinerantes de órgãos variados, que tratam de temas de interesse da comunidade.

Atingindo principalmente alunos dos primeiros e segundos graus, o objetivo primordial do MUHSE é mostrar o homem sergipano, considerando sua inserção no meio ambiente, suas diferentes formas de adaptação, seus fazeres culturais e sua história, divulgando também os trabalhos realizados pelo próprio Museu. Assim, a UFS promove através do MUHSE a socialização de saberes, reafirmando seus compromissos e estabelecendo mais um canal de comunicação com a sociedade sergipana. O MUHSE é um museu universitário e se constitui em um espaço para a musealização das pesquisas acadêmicas realizadas no âmbito da UFS.

Fechado para visitação pública, por autorização da Prefeitura do Campus desde 02 de maio de 2011, em virtude de problemas nos edifícios, o que levou à desmontagem da exposição permanente como medida de salvaguarda dos objetos museológicos expostos. Em janeiro de 2012 foram iniciados os estudos para a elaboração dos projetos de restauração e reforma, luminotécnico, elétrico, hidráulico, além da adaptação do projeto museográfico e expográfico ao prédio.